Po trzech latach sprawowania funkcji wikariusza został proboszczem w parafii Ars. Żyjąc w wielkim ubóstwie, oddając się surowym postom, niezwykłym wyrzeczeniom oraz wytrwałej modlitwie, zaczął z wolna odradzać zobojętniałych parafian. Miał dar czytania w ludzkich sumieniach i przepowiadania przyszłości. Zasłynął jako spowiednik. W konfesjonale spędzał od 13 do 17 godzin dziennie. Jego świętość ściągała tysiące pielgrzymów z dalekich stron. W dziesiątym roku pasterzowania przybyło do Ars ok. 20 000 ludzi. W ostatnim roku swojego życia miał przy konfesjonale ich ok. 80 000. Łącznie przez 41 lat przesunęło się przez Ars około miliona ludzi. Nadmierne pokuty osłabiły jednak i tak wyczerpany organizm. Pojawiły się bóle głowy, dolegliwości żołądka, reumatyzm. Do cierpień fizycznych dołączyły duchowe: oschłość, skrupuły, lęk o zbawienie, obawa przed odpowiedzialnością za powierzone sobie dusze i lęk przed sądem Bożym. Często doświadczał fizycznej obecności i napaści szatana. Wyczerpany nadludzką pracą i umartwieniami zmarł 4 sierpnia 1859 r. Pius X beatyfikował go w 1905 r., a w 1925 r. Pius XI kanonizował.