Pragnął wyjechać na misje do Ameryki, ale arcybiskup Sewilli zlecił mu wędrowne misje ludowe. Przemierzał więc całą Andaluzję, katechizując dzieci oraz ucząc dorosłych modlitwy i spowiadając ich. Nie przyjmował ofiar za intencje mszalne, także wiódł bardzo ubogi żywot. W 1531 r. został oskarżony o głoszenie herezji, spędził dwa lata w więzieniu inkwizycji, ale ostatecznie oczyszczono go z zarzutów i został uwolniony. Udał się do Granady, a potem powrócił do Andaluzji. Po 1540 r. poświęcił się dziełu tworzenia sieci kolegiów oraz szkół wyższych. Założył m.in. uniwersytet w Baeza na południu Hiszpanii. Powołał także do istnienia stowarzyszenie życia wewnętrznego.
Do historii przeszedł nie tylko jako misjonarz ludowy, mistyk, wykładowca akademicki i autor dzieł o życiu duchowym, które wysoko cenili m.in. św. Franciszek Salezy i św. Alfons Liguori. Był także porywającym kaznodzieją, a głoszone przez niego nauki doprowadziły wielu do nawrócenia. Św. Jan Boży po wysłuchaniu jego kazania tak gorliwie pokutował i okazywał żal za grzechy, że został uznany za szaleńca. Z kolei wicekról Katalonii tak bardzo był poruszony kazaniem Jana, że wstąpił do jezuitów – znamy go jako św. Franciszka Borgiasza. Do grona duchowych podopiecznych Jana należeli także inni święci: Ludwik z Granady, Ignacy Loyola i Teresa z Ávila. Zmarł 10 maja 1569 r. w Montilla koło Kordoby. Beatyfikowano go w 1894 r., a w 1970 r. kanonizował go papież Paweł VI, który uważał, iż powinien być on wzorem do naśladowania dla wszystkich współczesnych księży. 7 października 2012 r. papież Benedykt XVI ogłosił go doktorem Kościoła powszechnego.
na podstawie: www.brewiarz.katolik.pl
